Mega16已經內置RC振蕩線路，可以產生1M、2M、4M、8M的振蕩頻率。不過，內置的畢竟是RC振蕩，在一些要求較高的場合，比如要與RS232通信需要比較精確的波特率時，建議使用外部的晶振線路。 早期的90S系列，晶振兩端均需要接22pF左右的電容。Mega系列實際使用時，這兩隻小電容不接也能正常工作。不過為了線路的規範化，我們仍建議接上。 重要說明：實際應用時，如果你不需要太高精度的頻率，可以使用內部RC振蕩。即這部分不需要任何的外圍零件。
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